耕作层的厚薄，在一定程度上影响着耕地的质量。由于经常受农事活动干扰和外界自然因素影响，其水分物理性质和速效养分含量的季节性变化较大。
虽然耕作层“阅历丰富”，但也经受不住致命的创伤与打击。
如果为了追求短期的经济利益，而在农田上种树，土壤的养分会大幅度地流失。移树后，农田处处留下大窟窿。原本肥沃的良田，日渐“消瘦”，以后想种好庄稼就很难了。
“田不如旧”，一朝一夕形成不了十几厘米的耕作层。
占田挖塘养鱼更是对耕作层的一种“酷刑”，一挖就是几米深。如此珍贵的耕作层，有的被丢弃，有的露天堆放作为田耕道路，导致农田地力严重降低。
近年来，保护耕作层愈发被提上日程。2020年9月，国务院办公厅发布《关于坚决制止耕地“非农化”行为的通知》，禁止占用永久基本农田种植苗木、草皮等用于绿化装饰以及其他破坏耕作层的植物。
同年11月，《国务院办公厅关于防止耕地“非粮化”稳定粮食生产的意见》进一步明确，禁止占用永久基本农田从事林果业以及挖塘养鱼、非法取土等破坏耕作层的行为。
从这两份文件不难看出，耕地“非农化”“非粮化”，核心就是占了耕地，最关键的就是破坏了耕地的耕作层，影响了耕地的质量。
依据新修订的《土地管理法》《土地管理法实施条例》，非法占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款；破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
